毕自肃从京城带来的仆人和亲随先遭殃，当街被砍成了肉酱，私人财物被抢劫一空；还有宁远的粮仓钱库也被乱军砸开，官仓里储存的粮食和银钱同样被扫荡一空。不过最惨的还是前任辽东巡抚的对头李应荐，他被乱军堵在巡抚衙门的后花园里，当场活活打死，他在宁远的家人也被杀得干干净净，居住的宅院更是被一把火烧得精光，同样和前任辽东巡抚做对的宁远监军胡良辅则在混乱中不知所踪，生死不明。(１１５ｗｘ)•(ｏｒg)

与此同时，毕自肃本人也在城楼上遭受了难以想象的残酷折磨，数以百计的乱军士兵借口他故意克扣军饷，对他不仅是百般侮辱，拳打脚踢，还丧心病狂的把他的耳朵和鼻子割掉，又拎来马桶，将桶中大便小便浇满他的全身，素有清廉直名的毕自肃遭受如此侮辱，自然是羞愤欲死。

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四月初三，收到消息的熊廷弼率领大军兵临宁远城下，镇压叛变，只可惜此刻的宁远城早已经落到了叛军手中，熊廷弼若要强攻，势必就是两败俱伤的局面，而且毕自肃也在叛军手里，如果强攻，必然危及毕自肃性命。无可奈何之下，熊廷弼只得派遣使者入城谈判，要求叛军放下武器，开城投降，叛军领杨正朝和张思顺则向熊廷弼提出了三个投降条件，第一，立即下军饷；第二，保证不追究叛军所有成员的任何责任；第三，要求熊廷弼上书朝廷，严格惩处克扣军饷导致兵变的毕自肃，请袁巡抚回来，继续当辽东熊迂弼当然只能答应第个条件，迈有保证只外播。生引七沾有命案的叛军士兵，叛军同样不答应，结果谈判破裂，熊廷弼也只能下令攻城。

熊廷弼军动手准备攻城，宁远叛军也毫不犹豫的搬出红夷大炮，瞄准了熊廷弼的军队，眼看大明军队就要自相残杀时，前任辽东巡抚站了出来，请求亲自出城谈判，劝说叛军投降。极不情愿看到明军同室操戈的熊廷弼思量再三，也只好点头同意，而前任辽东巡抚孤身入城许久后，终于带出叛军投降的新条件一要求熊廷弼上书朝廷，赦免叛军所有人的死罪，保证不杀叛军一人，那一切条件都可以商量。否则的话，宁远叛军宁可与熊廷弼拼死一战，也绝不投降。而且辽东巡抚又自告奋勇的提出，以自己为人质，换出被叛军扣押的毕自肃，熊廷弼犹疑再三，迟迟不敢做出决定。

迫使熊廷弼同意叛军条件的是来自建奴的压力，差不多是在同一天，已经从朝鲜回师的建奴主力兵临海州城下，同样归辽东巡抚直属的海州明军士气崩溃，不战而降，建奴一举夺回当年被辽东巡抚借来的海州，又掉转马头西进，兵锋直指锦州城。而同样归辽东巡抚管辖的锦州军队也蠢蠢欲动，派出代表与锦州守将祖大寿和吴襄交涉，要求熊廷弼答应宁远军队提出条件，否则的话，建奴大军兵至锦州城下时一锦州军队将拒绝作战。面对这样内外交困的局面，熊廷弼也没了办法，只得同意叛军条件，向朝廷请旨赦免叛军赦免，辽东巡抚也再度大义凛然的孤身入城，以自己为人质，换回了已经奄奄一息的毕自肃，只是毕自肃遭受如此奇耻大辱，早已心萌死志，网一得脱自由，就跳下了宁远城墙，自杀谢罪。

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