海军都督府的大军分水6两路南下，抵达上海之后，知县来迎，李彦直将海军都督府衙门设在淞江岸边，又宣布了朝廷将上海设为市舶司总署所在地之意，全面接掌这里的军政大权。

知县听说李都督要在上海开市舶，就带了吏、礼、兵、刑、户、工六房属吏来听命，那些吏员、书算都跃跃欲试，心想既开市舶司，这里头大有好处可拿，大有油水可捞。李彦直是何等眼光，一眼扫过去，见这些人双目似贼，油滑得不得了，便一个也不用，却让张岳去主抓这件事情，所用之干部，都是六艺堂毕业的学生。至于办事人员，则宁可招收市井中的人才，也不再用官府旧人。

与市舶司事务同时，军队布置也在进行。此次随李彦直南下的部队，6战部有一万五千人，水师三万二千人，大小战船两百八十余艘。李彦直接掌了宝山所，将6战部都安置在这里，跟着部署水师。那三万两千水师核心是张岳带来的鸡笼寨机兵约五千人，李彦直将之作为海军都督府水师的本部主力，安置在黄浦江入海口的水寨中，又派林碧川据长江口外的大七岛，派徐元亮据小七岛，派洪迪珍据小七岛南的羊山岛，又调遣金山卫原有将士，进驻金山卫海岸线外二十里的滩浒山，这样安排下来以后，上海的岸外防线就成了。

部署既定，洪迪珍、周文豹等都来促请李彦直赶紧南下，以免大员受到攻击，李彦直却道：“欲则不达。\现在就挟大军南下，只会更慢。”只派徐元亮南下试探，结果徐元亮在大衢山附近就遇到了陈思盼的伏击。

王直北上的这段时间里。陈思盼大力搜罗手下，据有七大水寨，部众过一万人，徐元亮不敢更他正面对抗，绕向西边要避开他的锋芒，不想却又在杭州湾外的东霍山一带被于七阻截。

原来王直、破山南下之后，在南直隶以及浙闽海面广布流言，说李彦直背叛了东海众。还从天津带了大军南下，要将所有海商海盗斩尽杀绝。这流言其实也不全是谣言，因李彦直在京津一带确实把王直一派害得够呛。这时王直也不需编造故事，只把李彦直如何对付他的事情添油加醋地告诉陈思盼、于七等人。这些人一听之下哪有不恐慌地，只半月之间便有数万之众归附了王直、破山祈求庇护，一些比较大的头领人物，如陈思盼、于七、邓文俊等不愿意归附王直，却也各自为守。及李彦直到达上海之后部署长江出海口的防务，那更是天朝正规军的气派！陈思盼、于七等心中害怕，又听了王直的话，先入为主。对北面下来的徐元亮部便深怀戒惧。

浙东的这些海盗加在一起，数量不下十万，战船逾千，而且在这一带是地头蛇。熟悉周围的海路，这些人分散开来难成大气候，但齐心反抗时便让李彦直大感棘手，知道要越浙东海面南下，绕不开这批人。^^^^他派人传令各寨让他们归降，但各寨都紧闭寨门，不肯出来。

徐元亮得了李彦直地戒饬，没再南下。只派遣船只到浙东各岛宣传李彦直的“招抚”之意。但浙东各岛无人肯信，反而加紧了戒备。以防北师来袭。只有少数几伙小股海商冒险