随着时间的发展，海军中将七星剑阿彬的名号随着金狮子的身死的消息，而声名远播.....

而草帽路飞一伙，在大闹司法岛之后，又通过了王下七武海“影影果实”能力者月光·莫利亚的恐怖三桅帆船的地盘，再次收获了两名伙伴，改造人船工弗兰奇和骷髅人音乐家布鲁克。随后为了让海贼船能在海底航行到达海底10000米深处鱼人岛位，众人来到了香波地岛为船表面上膜。

接着他们来到章鱼小八的老友-夏姨开的风情酒吧要拜访上膜工人，但上膜工人已经半年没回家了，夏姨并提供几个他常去的地方给路飞等人作参考，并透露路飞和佐罗已经被列为海贼界超新星十一人，另外九位赏金破亿的通缉犯同时也登陆了这座岛。

在寻找上膜工人的途中海咪被绑架集团“猎狗宠物团”绑走了，草帽海贼团召集飞鱼骑士团将他们载到“人类拍卖会场”，后来在会场上小八被天龙人开枪射击，路飞愤而打伤天龙人，导致天龙人事件发生，一行人得到上膜工人“老雷”的帮助而顺利离开人类拍卖会场。

回到夏姨的酒吧后，一行人才得知原来“老雷”是罗杰海贼团副船长冥王席尔巴兹·雷利，为感谢路飞等人帮助小八，雷利答应替千里阳光号免费上膜，并给他们每人一张“生命纸”，接下来给船上膜的三天时间全员得在岛上躲避海军。

而受天龙人事件影响，海军本部上将“黄猿”来到香波地岛，所幸“冥王”雷利来此帮助，但也引发混战，后来全团船员更被突然出现的“暴君”熊的能力传送到别的地方去。而在同时，海军本部也正在召集所有王下七武海，准备要和白胡子海贼团战斗。

路飞被大熊传送到女儿岛亚马逊·百合，路飞食物中毒，并为雏菊及同伴所救。但因他不知女人岛上不准男人靠近的规定，且“劫持”了雏菊而遭到追杀，而后更在那遇上了自称因为“诅咒”而拥有“石化”能力的女性王下七武海海贼女帝波雅·汉考克。

面对这个狠心把自己人石化的美艳暴君，路飞展开了在女儿岛的战斗，后化解了与女儿岛居民的冲突和女帝的心结后，路飞无意中从纽婆婆那得知艾斯的困境，决定去深海监狱“因佩尔”拯救即将被处死的火拳艾斯。而此时汉考克因暗恋上路飞，所以决定利用七武海身份暗中帮助他。

为了营救艾斯，路飞藏在汉考克的衣服里，登上海军军舰，透过海军专用海流盆子海流到达深海大监狱“因佩尔”。在汉考克的帮助下，路飞潜入海底监狱，却在地下一楼遇到正在逃狱的海贼团船长“小丑”巴基。

在前往“Lv.5”的途中，遇到了“Mr.3和“Mr.2。由于巴基与“Mr.3急着想逃狱，Mr.2和路飞一同往“LV5”前进。另一方面，“监狱最强的男人”因佩尔署长麦哲伦召集全部战力于“LV4”焦热地狱”迎战路飞。

巴基和Mr.3遇见麦哲伦后也落荒而逃。路飞与麦哲伦决斗，战败并被押送入“LV5极寒地狱”，再濒死之际被“Mr.2救出并接受Lv