秦日纲和钟廷生并不知道的是，即便知道了湖北战场局势不妙的情况，太平军的西线主帅石达开却还是不打算放弃湖北战场，仍然用快船传令秦日纲和钟廷生继续坚守黄州一线，那怕情况再不妙也绝不能主动放弃黄州府城，更不许擅自撤出湖北。

石达开做出这个决定当然不是要让太平军将士白白送死，原因是更加重要的南昌战场已经进入了最关键的阶段，江西清军已经大半云集南昌战场力保省城，而太平军成功占领了江西大部分城池后，也陆续把兵力集中到了南昌战场准备和江西清军打一场大决战，若能取胜江西全境便可归入太平天国的版图，继而彻底切断满清朝廷与东南富庶之地的陆路联系。

在这么重要关键的时刻，石达开当然希望秦日纲和钟廷生能够暂时牵制住湖北清军，不给曾国藩或者吴超越增援南昌的机会，所以即便明知道湖北局势不妙也无法再往湖北增派援军，石达开也绝不允许秦日纲撤出湖北战场。

然而很可惜，石达开的命令晚了一步，当石达开的命令送到秦日纲的面前时，黄州府城已经被吴超越和曾国藩联手攻破，钟廷生为了保存有生力量迅速撤出了黄州战场，秦日纲率领的太平军水师主力也已经撤到了蕲州一带，再没了机会把吴超越和曾国藩牵制在湖北腹地。

黄州府城是被清军用爆破战术得的手，激战中，湖北新军将士靠着优势炮火的掩护，在黄州北门城下成功挖掘出了一个坑道，埋入苦味酸炸药引爆，第一次爆炸虽然没能成功炸垮黄州城墙，但曾国荃麾下的湘军将士璇即又在附近挖掘了一个坑道，吴超越赶紧派人再次装进苦味酸炸药引爆后，之前就已经摇摇欲坠的城墙终于轰然倒塌，露出了一个不下二十丈宽的缺口，负责这一轮攻势的湘军将士立即潮水一般的涌入缺口。

比拼勇气斗志的危急时刻，太平军将士虽然靠着密集子弹和接连抛掷火药包，一度把已经冲进城的湘军士兵给重新赶出城外。可湘军这边却更狠，曾国荃亲自操刀上阵，接连砍翻三个带头逃命的军官，并扬言说再敢后退就马上对谁开枪，逼着湘军将士再次发起冲击，这才成功杀入城内与太平军展开巷战。而再当冯三保率领着大量装备手雷左轮枪的吴军将士杀入城内后，守黄州府城里的钟廷生也就彻底没有了回天之力。

在此期间，太平军水师也一度出动来救黄州，然而援军尚未靠岸登陆，已经不再故意保存力量的湘军水师也已经倾巢杀来，太平军水师被迫在水上迎战，接着又马上遭到了湘军水师的手雷弹突袭，过于轻小的小拔船只要挨上一枚苦味酸手雷就得遭受重创，运气不好点直接报废都有可能。措手不及下，太平军水师顿时一片大乱，兵无战心，将无斗志，士气高昂的湘军水师则乘机猛攻猛杀，几乎与陆地上同时取得胜利，太平军水师也比陆师更早放弃了黄州向下游逃亡。

收到了水师兵败的消息后，本来就已经招架不住的钟廷生更无战心，想都不想就下达了弃城命令，结果却又遭到了湖北新军的全力追击，在损失相当不小的情况下才逃到兰溪与水师会合